Los ajolotes tienen cuatro genes de pigmentación; cuando mutan crean diferentes variantes de color. Los ajolotes salvajes son normalmente de color marrón con un matiz verde oliva y manchas doradas. Los seis colores de ajolotes más comunes derivados de una mutación son los siguientes:

* Leucístico: rosa pálido con ojos negros, en algunas veces con un vientre matizado de azul.

* Leucístico sucio: leucístico con manchas oscuras; esto ocurre como método de camuflaje.

* Albino: rosa pálido a blanco con ojos rojos; es el color más común en los ajolotes, incluso más que en otras criaturas.

* Albino dorado: Albino matizado de dorado con ojos dorados.

* Axántico: gris o plata con ojos negros.

* Melanístico (o hipermelanístico): negro a azul oscuro sin motas doradas ni tono verde oliva.

Además, existe una amplia variabilidad individual en el tamaño, el número y la intensidad de las manchas doradas. Existen ejemplares con coloración modificada artificialmente como con la GFP.1

Un ejemplar homocigoto doble, con rasgos leucísticos y albinos-dorados (izquierda); el ejemplar del centro es albino dorado y el ejemplar de la derecha es leucístico.
Debido a que los criadores de mascotas con frecuencia cruzan las variantes de color, los ejemplares mutantes homocigotos dobles son comunes en el comercio, especialmente los ajolotes blancos/rosados con ojos rosados que son mutantes homocigotos dobles, que mantienen tanto el rasgo albino como el rasgo leucístico. Los ajolotes también tienen una cierta capacidad para alterar su color y así proporcionar un mejor camuflaje al cambiar el tamaño relativo y el grosor de sus melanóforos.

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